Jan Izydor Rybkowski urodził się 4 kwietnia 1912 roku w osadzie Bolesławów, wcielonej w 1916 roku do miasta Ostrowca. Na miejscu domu siostry jego dziadka, u zbiegu ulic Słowackiego i Kilińskiego, gdzie przyszedł na świat, dziś stoi budynek Liceum Ogólnokształcącego im. Stanisława Staszica. Uczęszczał do szkoły powszechnej w Częstocicach (obecnie dzielnica Ostrowca Świętokrzyskiego), następnie przez rok uczył się w ostrowieckim gimnazjum im. Joachima Chreptowicza.

W 1926 roku wyjechał do Poznania, gdzie podjął naukę w Szkole Sztuk Zdobniczych im. J. Mehoffera. Od 1931 roku współpracował jako scenograf z teatrami w Częstochowie, Łodzi i Warszawie. W 1932 roku trafił do podchorążówki na Bukówce w Kielcach gdzie zajmował się głównie malowaniem dekoracji oraz karykatur kolegów i oficerów.

Studia na Wydziale Reżyserii w Państwowym Instytucie Sztuki Teatralnej w Warszawie rozpoczął w 1937. Studiował razem m.in. z Jerzym Duszyńskim, Danutą Szaflarską i Hanką Bielecką. Był współpracownikiem Leona Schillera w Teatrze Ateneum w Warszawie. We wrześniu 1939 roku został zmobilizowany do wojska, ale nie uczestniczył w walkach.

W 1940 roku w Białymstoku współpracował z zespołem Państwowego Teatru Polskiego Białoruskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Tam poznał swoją późniejszą żonę Lidię Witkowską. Aby uniknąć aresztowania dobrowolnie zgłosił się na roboty w Niemczech. W Dreźnie Pracował przy renowacji konstrukcji mostów.

W maju 1945 r. wrócił w rodzinne strony, na krótko zatrzymał się w Częstocicach. Następnie razem z żoną wyjechał do Łodzi. Współpracował z Teatrem Wojska Polskiego oraz Teatrem Syrena w Warszawie. W 1947 roku uzyskał uprawnienia reżysera teatralnego.

Od 1972 roku był pracownikiem naukowym Państwowej Wyższej Szkoły Filmowej i Teatralnej im. L. Schillera w Łodzi, a w 1975 roku objął funkcję dziekana na Wydziale Reżyserskim tej uczelni.

Pracę w filmie rozpoczął w 1947 roku, kiedy to razem z Wandą Jakubowską zrealizował „Ostatni etap”.

Pierwszym samodzielnym filmem zrealizowanym przez Jana Rybkowskiego na podstawie scenariusza Jarosława Iwaszkiewicza był "Dom na pustkowiu" z Aleksandrą Śląską w roli głównej.

Jan Rybkowski zrealizował około trzydziestu filmów kinowych i trzy seriale telewizyjne.

Przy niektórych produkcjach był nie tylko reżyserem, ale także kierownikiem artystycznym i scenarzystą. W jego dorobku nie zabrakło obrazów cieszących się ogromną popularnością. Zaliczymy tu przede wszystkim ekranizacje o charakterze komediowym. Są to „Nikodem Dyzma” (z Adolfem Dymszą w roli tytułowej) oraz trylogia o przygodach kreowanego przez Tadeusza Fijewskiego Pana Anatola.

Wielkim powodzeniem cieszyły się również zrealizowane przez Rybkowskiego ekranizacje klasycznych utworów literatury polskiej: „Granica”, serial „Chłopi” i jego wersja kinowa, a także „Dulscy” „Kariera Nikodema Dyzmy”  oraz „Rodzina Połanieckich”.

Jan Rybkowski miał jednego syna Wojciecha, który urodził się 4 kwietnia 1952 roku, dokładnie w czterdzieste urodziny reżysera. Jego matką była pierwsza żona Rybkowskiego Lidia, która zmarła 6 grudnia 1972 roku. Ożenił się po raz drugi z reżyserką Marią Starzeńską.

Zmarł 29 grudnia 1987 roku w Konstancinie - Jeziornie i został pochowany na Powązkach, we wspólnej mogile z pierwszą żoną, Lidią Witkowską – Rybkowską.

 W 2006 roku na ulicy Piotrkowskiej w Łodzi w Alei Gwiazd odsłonięto "Gwiazdę Rybkowskiego".    

W Ostrowcu Świętokrzyskim powstał jeden z wczesnych filmów Jana Rybkowskiego "Pierwsze dni". W propagandowym dramacie obyczajowym zagrali: Jan Ciecierski, Hanka Bielicka, Jan Świderski, Kazimierz Opaliński, Kazimierz Wichniarz, Henryk Bąk, Wiktor Sadecki.

Film był kręcony w ostrowieckiej hucie i na ulicach miasta (Traugutta, Czystej, Alei 3 Maja i Młyńskiej). Jego premiera odbyła się w ostrowieckim kinie "Hutnik" w 1952 roku.